> Хотя все равно не понятно как заделывали пробоины в днище используя коффердам на палубе. Этой информации я не нашел.

Возможно какой то аналог водолазного колокола с опускающимися вниз до пробоин рабочими шахтами-трубами.

Подобную двухступенчатую конструкцию применяли в тогдашних США при возведении мостов - не сплошной кессон как при постройке Бруклинского моста (где были аварии и несчастные случаи) а большой кессон у поверхности воды - и вниз труба с работающими. Положение трубы можно менять.