Ну собственно (исключения могут быть всякими, но на то они и исключения) на броненосцах, после того как прошла первая пора защиты от пороховых бомб, и броня была должна защищать в первую очередь от тяжелых снарядов) самой толстой броней защищали жизненно важные части и непотопляемость. А это - район ВЛ и хорошо если плюс одно межпалубное пространство вверх. На большее не хватит веса.
В этом районе нет жилых отсеков (потому как этот район желательно бить на небольшие и как следует изолированные друг от друга отсеки), и сверлить дыры в броне - пусть даже под иллюминаторы, а не окна - и лишняя запара, и снижение прочности брони, и вообще - делать отверстия там, где корабль должен быть герметичен не слишком хорошая идея.

Соответственно что окошечки, что иллюминаторы делались там, где были жилые отсеки и обычно не было бортовой брони. Речь не об амбразурах под пушки, конечно.

Собственно, что строилось у англичан когда французы проектировали "Массену" и прочих: - броня в районе ватерлинии но в средней части корпуса, иллюминаторы - в носу и корме